凍干機在使用過程中樣品的制備應該盡可能地擴展它們的表面積，并且不含酸堿和揮發性有機溶劑；必須等樣品*凍結成冰才能操作，如有殘留液體會造成氣化噴射；注意冷阱約為-65℃，可以做低溫冰箱使用，但必須戴保溫手套操作，防止凍傷；啟動真空泵前，檢查出水閥控制是否擰緊，充氣閥是否可以關閉，有機玻璃罩與橡膠圈的接觸面之間是否具有清潔無污物，良好環境密封；一般情況下，該機不得連續使用超過48小時；樣品在冷凍的過程中，溫度逐漸降低，可將樣品取出回暖一段時間后，再繼續干燥，以縮短干燥時間。

　　以下是凍干機凍干藥品的一般順序：

　　1.藥品在凍結前分裝，劑量準確；

　　2.在低溫下干燥，能使被干燥藥品中的熱敏物質保留下來；

　　3.在低壓下干燥，被干燥藥品不易氧化變質，同時能因缺氧而滅菌或抑制某些細菌的活力；

　　4.凍結時被干燥藥品可形成"骨架"，干燥后能保持原形，形成多孔結構而且顏色基本不變；

　　5.復水性好，凍干藥品可迅速吸水還原成凍干前的狀態；

　　6.脫水*，適合長途運輸和長期保存。