真空冷凍干燥機適用于高檔原料藥，中藥飲片，生物，野生蔬菜，脫水蔬菜、食品、水果、化工、藥物中間體等物料的干燥。冷凍真空干燥是真空冷凍干燥機將制冷系統，真空系統，導熱油加熱系統，排濕系統組合一體，推出的一種新型箱體結構，較大地利用箱體內存放物料空間進行干燥的冷凍真空干燥。真空冷凍干燥機的凍干程序是：對物料凍干之前，要把需要凍干的產品分裝在合適的容器內，一般是玻瓶或安瓶，裝料要均勻，裝載的物料表面盡量大，厚度盡量薄些，一般是10-15mm；然后放入與凍干箱尺寸相適應的金屬盤內。
裝箱之前，先將真空冷凍干燥機的凍干箱進行空箱降溫，然后將產品放入凍干箱內進行預凍，抽真空之前要根據冷凝器冷凍機的降溫速度提前使冷凝器工作，抽真空時冷凝器應達到-40℃左右的溫度，待真空度達到一定數值后（通常應達到100uHg以上的真空度），即可對箱內產品進行加熱。
一般加熱分兩步進行：第一步加溫不使產品的溫度超過共熔點的溫度；待產品內水份基本干完后進行第二步加溫，這時可迅速地使產品上升到規定的最高溫度。在最高溫度保持數小時后，即可結束凍干，冷凍干燥機凍干結束后，要注意先放干燥無菌的空氣進入干燥箱，然后盡快地進行加塞封口，以防重新吸收空氣中的水份。
