貓狗糧凍干機相對常規凍干方法熱量消耗比其他干燥方法少。許多熱敏性的物質不會發生變性或失活。在低溫下干燥時，物質中的一些揮發性成分損失很小。在凍干過程中，微生物的生長和酶的作用無法進行，因此能保持原來的性狀。由于在凍結的狀態下進行干燥，因此體積幾乎不變，保持了原來的結構，不會發生濃縮現象。 由于冷凍干燥在真空下進行，氧氣極少，因此一些易氧化的物質得到了保護。干燥后的物質疏松多孔，呈海綿狀，加水后溶解迅速而*，幾乎立即恢復原來的性狀。
凍干機對于貓糧狗糧凍干質量的主要因素有：
1.貓狗糧厚度直接影響貓狗糧的干燥時間，因為貓狗糧厚度越大，其傳熱傳質的阻力越大，貓狗糧內部的水分就越難向外傳遞，所以干燥時間也就越長。
2.預凍溫度和維持時間若預凍沒有凍好，或凍結不實，在進入階段升華干燥時，貓狗糧可能出現“沸騰”現象，或凍干后制品表面凹凸不平，影響外觀；如果冷的過低，則浪費了能源和時間。預凍所需的時間要根據不同的具體條件來確定。但總的原則是應使制品的各部分*凍實。
3.升華界面的溫度(或供熱量)和水蒸汽逸出制品的能力前者主要由隔板的溫度和干燥箱的壓力(真空度)所決定，而后者主要由升華界面的溫度(對應的水蒸汽飽和壓力)和箱內的水蒸汽分壓所決定。
