醫藥型冷凍干燥機在生物技術領域，主要用于血清、血漿、疫苗、酶、抗生素、激素等藥品的生產；生物化學的檢查藥品、免疫學及細菌學的檢查藥品；血液、細菌、動脈、骨骼、皮膚、角膜、神經組織及各種器官長期保存等。 在醫藥工業方面的冷凍干燥主要包括西藥和中藥兩部分。西藥冷凍干燥在國內已經得到了一定的發展，很多較大型的制藥廠都有冷凍干燥設備。在針劑方面，冷凍干燥工藝采用的比較多，提高了藥品質量和貯存期限，給醫患雙方都帶來了利益。但目前凍干藥品的品種不多，產品價格高，干燥工藝不先進。中藥方面目前大量的中成藥還沒有采用凍干工藝，與國外差距較大，目前國內的中藥凍干工藝及產品的研究很有潛力可挖。
醫藥型冷凍干燥機在使用期間要注意：
1.操作前檢查
不僅需要對零件檢查，而且還需要對冷凍干燥機內部的空氣檢查，需要保證在干凈沒有任何空氣的情況使用，不然會影響到干燥的效果。
2.注意負荷問題
醫藥型冷凍干燥機在使用的時候不可以先將物料擺放在里面，應該等到預熱一段時間之后才可以放置，機器在負荷的情況下使用會導致故障的發生。
3.注意運轉問題
當冷凍干燥機在操作的時候出現自動關閉的話，那就需要等待三分鐘之后才可以開機，千萬不可以立即啟動，不然會導致故障發生，因為產生自動關閉現象肯定就是內部出現了問題，所以需要進行等待，可能是內部有負荷現象產生的問題，只有等待一段時間之后開機才能更好的使用。
現在真空凍干技術已經是有了非常多的技術優勢，在很多的情況下，人們通過使用醫藥型冷凍干燥機，都可以達到不錯的工作成果以及效果。如今的冷凍干燥機不僅僅是在醫藥、生物制品、食品、血液制品、活性物質領域得到廣泛應用外，在眾多其他領域也是有著很多應用的。
